Skip to content
  • ไทย ไทย
    • ไทย ไทย
  • เข้าสู่ระบบ / ลงทะเบียน
  • Wishlist
  • Follow us:             

www.bio-active.co.thwww.bio-active.co.th
    MENUMENU
    • HOME
    • COMPANY
      • ABOUT US
      • CONTACT US
      • JOB OPPORTUNITY
      • นโยบายคุ้มครองข้อมูลส่วนบุคคล
    • PRODUCTS
          • Categories
            • NGS & Microarray
            • Equipment & Instrument
            • Molecular & Diagnostics
            • Plasticware & Supplies
          • Brand
            • 10x GENOMICS
            • Analytik Jena
            • ARBOR ASSAY
            • BECKMAN COULTER Life Sciences
            • Bethyl Laboratories
            • BIONEER
            • BLUE-RAY BIOTECH
            • BPT. Plasticware
            • BSL. Plasticware
            • Cantata Bio
            • CareDx
            • Cosmo Bio
            • CENTOGENE
            • Cleaver Scientific
            • CPB. Plasticware
            • DeNovix
            • Dvysr
            • Eppendorf
            • FINEPCR
            • GEN. Plasticware
            • GGB. Plasticware
            • HTS. Plasticware
            • IKA
            • Illumina
            • inSpire
            • IWAKI
            • MaxCyte
            • Molecular Devices
            • MicroGEM
            • Mirus
            • NTM. Plasticware
            • PlexBio
            • Plasmapp
            • promicol
            • SANTA CRUZ
            • SCIEX
            • SRS. Plasticware
            • SYNTHEGO
            • TOMY
            • Vitrolife
    • NEWS & ACTIVITIES
      • PRESS RELEASE
      • BIO-ACTIVE CENTRE
      • iCENTRE
    • SERVICE & SUPPORT
หน้าหลัก / NGS & Microarray / Illumina
Add to wishlist

DRAGEN Targeted Microbial

Details:

This app is designed to analyze sequencing libraries generated from Illumina hybrid capture (enrichment) panels or tiled amplicon panels (ie COVIDseq).

หมวดหมู่: Illumina ป้ายกำกับ: Illumina, analyze sequencing libraries generated, DRAGEN Targeted Microbial, Microbial
PRODUCT CATEGORIES
  • NGS & Microarray
    • 10x GENOMICS
    • Illumina
  • Equipment & Instrument
    • inSpire
    • PlexBio
    • Plasmapp
    • DeNovix
    • Illumina
    • Cleaver Scientific
    • BLUE-RAY BIOTECH
    • IKA
    • FINEPCR
    • Analytik Jena
    • BECKMAN COULTER Life Sciences
    • TOMY
  • Molecular & Diagnostics
    • Molecular Devices
    • Eppendorf
    • Analytik Jena
    • PlexBio
    • BECKMAN COULTER Life Sciences
    • DeNovix
    • Dvysr
    • Vitrolife
    • MicroGEM
    • SMOBio
    • BIONEER
  • Plasticware & Supplies
    • IWAKI
    • CPB. Plasticware
    • GEN. Plasticware
    • SRS. Plasticware
    • NTM. Plasticware
    • HTS. Plasticware
    • BPT. Plasticware
    • GGB. Plasticware
    • BSL. Plasticware
Recently Viewed
  • Illumina DRAGEN Secondary Analysis
  • Reagent, SPRIselect, 60mL ฿69,000.00
  • innuPure C16 touch
  • รายละเอียดเพิ่มเติม

Supported hybrid-capture enrichment panels

  • Viral Surveillance Panel (VSP)
  • Pan-Coronavirus Panel (Pan-Cov)
  • Respiratory Virus Oligo Panel (RVOP)

Supported amplicon primer schemes on Protocols.io or ARTIC Network

  • Universal Influenza A/B (Zhou et al / Ying Lin)
  • MPXV (Grubaugh Lab)
  • Dengue 400 bp (Grubaugh Lab)
  • RSV (Barr Lab / Ying Lin)
  • SARS-CoV-2 ARTIC v3, v4, v4.1, v5.3.2(ARTIC Network)

Analysis Pipeline

  1. Reads are trimmed and filtered using Trimmomatic with the following parameters: LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW: 4:15 MINLEN:36.
  2. Human reads are removed with a modified version of the SRA Human Read Scrubber tool.
  3. MEGAHIT is used to perform de novo assembly on the scrubbed reads.
  4. CD-HIT-EST is used to cluster similar contigs to reduce redundancy.
  5. The resulting contigs are mapped to a set of reference genomes using minimap2.
  6. The best matching reference for each contig is selected for short read mapping.
  7. The scrubbed reads from step 3 are aligned to the selected reference genomes using [DRAGEN v4.0.3]
  8. Sequence variants are called from the alignments using DRAGEN Somatic v4.0.3 and applied to the corresponding reference sequences to create consensus sequences.
  9. If applicable, Pangolin and/or Nextclade are run on the consensus sequences.

Outputs

The software generates sequences representing a best estimate of the population of targeted sequences in the sample. NextClade and Pangolin analysis are run on select organisms. Output details in output txt file.

สินค้าที่เกี่ยวข้อง

เครื่องมือวิทยาศาสตร์ นำเข้าเครื่องมือวิทยาศาสตร์ ตัวแทนจำหน่ายเครื่องมือวิทยาศาสตร์
Add to wishlist
Quick View

Illumina

MiniSeq High Output Reagent Kit (300-cycles)

Add to wishlist
Quick View

Illumina

PhiX Control v3

เครื่องมือวิทยาศาสตร์ MiSeq Reagent Kit v2 (300-cycles)
Add to wishlist
Quick View

Illumina

MiSeq Reagent Nano Kit v2 (300-cycles)

เครื่องมือวิทยาศาสตร์ MiSeq Reagent Kit v2 (300-cycles)
Add to wishlist
Quick View

Illumina

MiSeq Reagent Micro Kit v2 (300-cycles)

Add to wishlist
Quick View

Illumina

Nextera™ DNA CD Indexes (96 Indexes, 96 Samples)

เครื่องมือวิทยาศาสตร์ นำเข้าเครื่องมือวิทยาศาสตร์ ตัวแทนจำหน่ายเครื่องมือวิทยาศาสตร์
Add to wishlist
Quick View

Illumina

MiniSeq High Output Reagent Kit (75-cycles)

เครื่องมือวิทยาศาสตร์ MiSeq Reagent Kit v2 (300-cycles)
Add to wishlist
Quick View

Illumina

MiSeq Reagent Kit v2 (500-cycles)

เครื่องมือวิทยาศาสตร์ MiSeq Reagent Kit v2 (300-cycles)
Add to wishlist
Quick View

Illumina

MiSeq Reagent Kit v3 (600-cycle)

OUR PARTNERS

Contact Us

   0-2350-3090

   info@bio-active.co.th

Follow Us

         

Tags

8 Cap Strip Mat Autoclave Automated Liquid Handlers Automated Liquid Handling beaker Cabinets Cell Culture Cuvette Digital microscopy DNA Extraction DNA Extractor DNA Sequencing Units embryo FINEPCR flask fluorescent assay glassware Graduated Tips ImageXpress Pico Automated Cell Imaging System Long Rreach Low Binding Mat Microplate Detection System Microplate Spectrophotometer Multi-Mode Microplate Reader Opti Seal PCR Pico Automated Cell Imaging System Pipette Pipette aid Pipette control Pipette Tips POWER SUPPLIES Racked Tips RNA Seal Single Cell Size Selection Spatial Spectrophotometer Tips Whole Exome Sequencing เครื่องดูดจ่ายสารละลาย เครื่องดูดจ่ายสารอัตโนมัติ เครื่องนึ่งฆ่าเชื้อ

About us

บริษัท ไบโอแอคทีฟ จำกัด
เป็นตัวแทนจำหน่ายเครื่องมือและอุปกรณ์ ทางด้านวิทยาศาสตร์ชั้นนำ เช่น เครื่องหาลำดับสารพันธุกรรม หรือ Next Generation Sequencing (NGS) และ Microarray จาก Illumina เพื่อนำไปใช้ทางด้าน IVF หรือเด็กหลอดแก้ว ยีนมะเร็ง อีกทั้งทางเรายังจัดจำหน่ายเครื่องมือทางด้านอุตสาหกรรมต่างๆ เช่น เครื่องปั่นเหวี่ยง หม้อนึ่งความร้อน และเครื่องเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอ (Centrifuge, Autoclave, PCR.) รวมถึงอุปกรณ์ทั่วไปที่ใช้ในห้องปฏิบัติการ (Pipette tips, Plasticware)

 

Office Hour : Monday - Friday 08:00 AM - 05:00 PM
Copyright © 2020 & Bio-Active Co., Ltd. All right reserved.
  • HOME
  • COMPANY
    • ABOUT US
    • CONTACT US
    • JOB OPPORTUNITY
    • นโยบายคุ้มครองข้อมูลส่วนบุคคล
  • PRODUCTS
    • Categories
      • NGS & Microarray
      • Equipment & Instrument
      • Molecular & Diagnostics
      • Plasticware & Supplies
    • Brand
      • 10x GENOMICS
      • Analytik Jena
      • ARBOR ASSAY
      • BECKMAN COULTER Life Sciences
      • Bethyl Laboratories
      • BIONEER
      • BLUE-RAY BIOTECH
      • BPT. Plasticware
      • BSL. Plasticware
      • Cantata Bio
      • CareDx
      • Cosmo Bio
      • CENTOGENE
      • Cleaver Scientific
      • CPB. Plasticware
      • DeNovix
      • Dvysr
      • Eppendorf
      • FINEPCR
      • GEN. Plasticware
      • GGB. Plasticware
      • HTS. Plasticware
      • IKA
      • Illumina
      • inSpire
      • IWAKI
      • MaxCyte
      • Molecular Devices
      • MicroGEM
      • Mirus
      • NTM. Plasticware
      • PlexBio
      • Plasmapp
      • promicol
      • SANTA CRUZ
      • SCIEX
      • SRS. Plasticware
      • SYNTHEGO
      • TOMY
      • Vitrolife
  • NEWS & ACTIVITIES
    • PRESS RELEASE
    • BIO-ACTIVE CENTRE
    • iCENTRE
  • SERVICE & SUPPORT
  • เข้าสู่ระบบ
  •    

Login with Facebook Login with Google

เข้าสู่ระบบ

คุณจำรหัสผ่านไม่ได้?

ลงทะเบียน

We use cookies to ensure that we give you the best experience on our website. If you continue to use this site we will assume that you are happy with it.
เราใช้คุกกี้เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและประสบการณ์ที่ดีในการใช้เว็บไซต์ ท่านสามารถศึกษารายละเอียดนโยบายคุ้มครองข้อมูลส่วนบุคคลได้ที่ “นโยบายคุ้มครองข้อมูลส่วนบุคคล”
OKPrivacy policy